Департамент создан на основании постановления Губернатора области от 3 декабря 2009 года N 492 путем реорганизации в форме слияния Департамента продовольственных ресурсов, торговли и услуг Вологодской области и Департамента сельского хозяйства Вологодской области.

      Департамент является правопреемником Департамента продовольственных ресурсов, торговли и услуг Вологодской области и Департамента сельского хозяйства Вологодской области.

   Департамент является органом исполнительной государственной власти Вологодской области по реализации полномочий в области поддержки сельскохозяйственного производства, управления племенным животноводством, семеноводством, мелиорации земель, ветеринарии, формирования и регулирования рынка сельскохозяйственной продукции, сельскохозяйственного сырья, продовольствия.